Patents
5. 特願2023-194666（出願日：2023年 11月 15日）
「核酸塩基検出剤」
出願人：学校法人 上智学院
発明者：近藤次郎
4. 特願2022-143419（出願日：2022年 9月 9日）
「金属イオン捕捉剤」
出願人：学校法人 上智学院
発明者：近藤次郎
3. 特願2021-126617（出願日：2021年 8月 8日）
「蛍光標識核酸プローブ」
出願人：学校法人 上智学院
発明者：近藤次郎
2. 特願2021-126578 ⇒ PCT/JP2022/029566（国際出願日：2022年 8月 1日）
「特定の立体構造を誘導する人工核酸」
出願人：学校法人 上智学院
発明者：近藤次郎
1. 特許番号第6860132号
「DNAー金属ハイブリッドナノワイヤーおよびその製造方法」
出願人：学校法人 上智学院
発明者：近藤次郎、多田能成
Books
9. 近藤次郎.
「核酸医薬開発のためのＸ線結晶解析」
（分担執筆）核酸医薬 ～モダリティ・合成・分析・DDSの最新動向～
NTS (2024).
8. 竹中章郎（編著）, 熊坂崇, 近藤次郎, 角南智子, 茶竹俊行, 森下えら（著）.
「生体高分子結晶のＸ線構造解析ー実践手法と基礎理論」
丸善出版 (2022).
7. 近藤次郎.
「結晶解析」
日本核酸科学会 監修, 杉本直己 編．「核酸科学ハンドブック」
講談社サイエンティフィク，pp. 30-40. (2020).
6. Jiro Kondo．
“Crystallographic studies of the ribosomal A-site molecular switches by using model RNA oligomers”
In Eric Ennifar (eds.), Nucleic Acid Crystallography : Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology).
Springer, pp. 315-327. (2016).
5. 近藤次郎．
「RNAの構造研究」
日本結晶学会「日本の結晶学(II)」出版編集委員会編．「日本の結晶学(II) -その輝かしい発展-」
日本結晶学会，pp. 220-221. (2014).
4. Jiro Kondo, Claude Sauter & Benoit Masquida．
“RNA crystallization”
In Roland K. Hartmann, Albrecht Bindereif, Astrid Schon & Eric Westhof (eds.), Handbook of RNA Biochemistry, second edition.
Wiley VHC, pp. 481-498. (2014).
3. Jiro Kondo & Eric Westhof.
“Aminoglycoside antibiotics: structural decoding of inhibitors targeting the ribosomal decoding A site”
In Claudio O. Gualerzi, Letizia Brandi, Attilio Fabbretti & Cynthia L. Pon (eds.), Antibiotics: Targets, Mechanisms and Resistance.
Wiley VHC, pp. 453-470. (2013).
2. Jiro Kondo & Eric Westhof.
“Structural comparisons between prokaryotic and eukaryotic ribosomal decoding A sites free and complexed with aminoglycosides”
In Dev P. Arya (eds.), Aminoglycoside Antibiotics: From chemical biology to drug discovery, second edition.
John Wiley & Sons, Inc, pp. 209-223. (2007).
1. 近藤次郎，竹中章郎．
「核酸の結晶調製」
（独）日本学術振興会回折構造生物169委員会 坂部知平監修，相原茂夫編著「タンパク質の結晶化－回折構造生物学のために－」
京都大学学術出版会，pp. 132-146. (2005).
Reviews and Articles in Japanese
16. 近藤次郎.
「RNAターゲット創薬とRNA創薬のための立体構造解析戦略」
善光龍哉, 辻川和丈 編．「あなたのラボから薬を生み出す アカデミア創薬の実践」
実験医学増刊, Vol.42, No.2, 129-135 (2024).
15. 近藤次郎．
「構造生物模倣科学によるDNAものづくり」
月刊バイオインダストリー, 39, 57-63 (2022).
14. 近藤次郎．
「RNA立体構造モチーフを活用した核酸医薬品のデザイン」
PHARM STAGE, 22, 5-8 (2022).
13. 近藤次郎．
「非来所全自動測定を活用したDNAものづくり」
日本結晶学会誌, 63, 224-226. (2021).
12. 近藤次郎．
「DNA構造バイオナノテクノロジー」
日本結晶学会誌, 60, 121-128. (2018).
11. 近藤次郎．
「立体構造解析に基づく核酸医薬品設計技術」
月刊バイオインダストリー, 35, 56-64. (2017).
10. 近藤次郎．
「DNAナノメディシンのStructure-Based Design」
月刊化学工業, 27, 28-36. (2016).
9. 近藤次郎．
「核酸構造生物学の最前線」
SOPHIA SCI-TECH 上智大学理工学振興会会報, 27, 2-7. (2016).
8. 近藤次郎．
「ノンコーディング核酸の「動き」を見て「働き」を理解する」
日本RNA学会会報, 36, 12-14. (2015).
7. 近藤次郎．
「核酸構造生物学の創薬・ナノ材料科学への展開」
日本化学会・生体機能関連化学部会ニュースレター, 29 (4), 15-18. (2015).
6. 近藤次郎．
「リボソームの分子進化－AサイトRNA分子スイッチの動きからの考察」
実験医学増刊号, 31, 1011-1017. (2013).
5. 近藤次郎．
「リボソームの活性部位にあるRNA分子スイッチの“動き”＝“はたらき”を探る」
蛋白質核酸酵素, 54, 1356-1362. (2009).
4. 近藤次郎．
「リボソームＡサイト分子スイッチのＸ線結晶解析」 （日本結晶学会進歩賞受賞論文）
日本結晶学会誌, 51, 145-152. (2009).
3. 近藤次郎，Eric Westhof, 竹中章郎．
「分子スイッチとして機能するノンコーディングDNA/RNAのＸ線解析」
Photon Factory News, 26, 22-27. (2008).
2. 近藤次郎，竹中章郎．
「DNAの八重らせん構造およびその開裂四重鎖構造とそれらの生物学的意義」
日本結晶学会誌, 46, 345-351. (2004).
1. 近藤次郎，竹中章郎．
「DNA二重らせん構造50年後の新展開：DNA鎖の新しい会合様式と特殊塩基の役割」
構造生物, 9, 1-19. (2003).